다만, 위 내용과 달리 독도는 역사적, 지리적, 국제법적으로 명백한 대한민국의 고유 영토이며, 독도에 대한 영토 분쟁은 존재하지 않는다는 것이 우리 정부의 확고한 입장입니다. 일본이 내세우는 여러 주장은 역사를 왜곡하고 국제법적 요건을 자의적으로 해석한 것에 불과하며, 이에 대해 대한민국은 다음과 같은 역사적 사실과 법리적 근거를 바탕으로 반박합니다.
1. 역사적 고유 영토론의 허구성
일본은 17세기 에도 시대부터 독도를 인지하고 이용했으며, 이를 통해 영유권을 확립했다고 주장합니다. 그러나 한국의 독도 영유권은 서기 512년(신라 지증왕 13년) 우산국이 신라에 복속된 이래 1,500년 이상 지속되어 왔습니다. 『세종실록』 지리지(1454년)는 울릉도(무릉)와 독도(우산)를 별개의 섬으로 명시하며, 두 섬이 서로 멀지 않아 날씨가 맑으면 바라볼 수 있다고 기록하고 있습니다. 이는 울릉도에서 육안으로 관측 가능한 유일한 섬인 독도를 명확히 인지하고 있었음을 증명합니다.일본이 영유권의 근거로 내세우는 '도해 면허'는 오히려 독도가 일본 영토가 아니었음을 자인하는 증거입니다. 당시 에도 막부가 발급한 면허는 자국 영토로 가는 통행증이 아니라, 외국으로 나가는 것을 허가하는 문서였습니다. 즉, 일본 어민들이 울릉도와 독도로 건너가는 행위 자체가 당시 일본 정부에 의해 '해외 도항'으로 간주되었다는 사실은 이 섬들이 일본의 영토가 아니었음을 반증합니다.또한 1693년부터 1696년까지 발생한 '울릉도 쟁계(겐로쿠 다케시마 일건)'의 결말 역시 일본의 주장과 상반됩니다. 1696년 1월, 에도 막부는 조선과의 외교 교섭을 통해 울릉도와 독도가 조선의 영토임을 인정하고 일본 어민의 도해를 금지하는 지령을 내렸습니다. 일본은 이 금지령이 울릉도에만 해당된다고 주장하나, 당시 독도는 울릉도의 부속 도서로 인식되었으며, 1699년 쓰시마번이 조선에 전달한 문서에서도 울릉도와 그 주변 섬들이 일본령이 아님을 재차 확인했습니다.
2. 1905년 시마네현 편입의 불법성과 무효성
일본은 1905년 시마네현 고시를 통해 독도를 '무주지(주인 없는 땅)'로서 선점했다고 주장합니다. 그러나 이는 국제법상 선점의 요건을 전혀 갖추지 못한 불법적 조치입니다. 대한제국은 일본의 고시보다 5년 앞선 1900년 '칙령 제41호'를 공포하여 독도를 '석도(石島)'라는 명칭으로 울도군 관할 하에 명시했습니다. 당시 '석(石)'의 방언인 '독'을 한자로 표기한 것이 석도였으며, 이는 대한제국이 이미 독도에 대해 행정권과 실효적 지배를 행사하고 있었음을 의미합니다. 따라서 독도는 주인 없는 땅이 아니었습니다. 또한, 1905년의 편입 과정은 주권 침탈의 연장선상이었습니다. 당시 일본은 러일전쟁을 수행하던 중 군사적 거점이 필요해지자, 대한제국 정부에는 알리지도 않은 채 시마네현의 하급 지방 관청을 통해 은밀하게 편입을 시도했습니다. 이는 정당한 영토 획득 절차가 아니라, 당시 강압적으로 체결된 각종 협약에 의해 대한제국의 외교권과 주권이 위협받던 상황을 이용한 제국주의적 탈취였습니다. 일본은 이를 '평화로운 행정 조치'라 주장하지만, 이는 명백히 한반도 침략의 첫 번째 희생물로서 독도를 강탈한 행위입니다.일본이 주장하는 강치 포획 허가 등 행정적 조치 역시, 이미 주인 있는 땅인 독도에 대해 타국이 일방적으로 행한 무효한 행위일 뿐입니다. 한국 어민들은 일본의 편입 시도 이전부터 독도 인근에서 지속적으로 어로 활동을 펼쳐왔으며, 이는 조선과 대한제국 정부의 묵인과 관리 하에 이루어진 실효적 지배의 일환이었습니다.
3. 전후 국제 질서와 독도의 지위
일본은 1951년 샌프란시스코 평화조약에서 독도가 포기 영토 목록에 명시되지 않았다는 점과 '러스크 서한'을 근거로 독도가 자국 영토로 남았다고 주장합니다. 하지만 이는 조약의 전체 맥락과 연합국의 전후 처리 원칙을 고의적으로 왜곡한 것입니다. 샌프란시스코 평화조약은 "일본은 폭력과 탐욕에 의해 탈취한 모든 영토에서 쫓겨나야 한다"는 카이로 선언(1943년)과 포츠담 선언(1945년)의 정신을 계승합니다. 독도는 일본의 침략 과정에서 가장 먼저 강점된 곳이므로, 당연히 한국에 반환되어야 할 영토에 포함됩니다.조약 제2조 (a)항에 독도가 직접 언급되지 않은 것은 한국의 수천 개 섬 중 대표적인 예시만을 나열했기 때문입니다. 제주도, 거문도, 울릉도를 명시한 것은 한국의 영토 범위를 예시적으로 보여준 것이지, 그 외의 섬을 일본령으로 인정한 것이 아닙니다. 또한 일본이 금과옥조처럼 여기는 '러스크 서한'은 연합국 전체의 합의된 입장이 아닌, 미국의 일방적이고 편향된 견해를 담은 비공식 문서에 불과합니다.오히려 연합국 최고사령관 각서(SCAPIN) 제677호는 독도를 일본의 행정 구역에서 명확히 분리하여 제외했습니다. 일본은 이것이 임시 조치였다고 주장하지만, 이후 체결된 평화조약에서 이 조치를 공식적으로 뒤집는 합의가 없었으므로 독도의 지위는 연합국에 의해 한국의 영토로 재확인된 것입니다. 1952년 이승만 대통령의 해양주권선언(이승만 라인)은 이러한 역사적, 국제법적 정당성을 바탕으로 자국 영토에 대한 주권을 재확인하고 수호하기 위한 정당한 조치였습니다.
4. 일본 측 반박의 모순과 국제사법재판소 제안에 대한 반박
일본은 한국 측 사료에 등장하는 우산도가 독도가 아니라고 주장하며, 평화적 해결을 위해 국제사법재판소(ICJ)에 회부하자고 말합니다. 그러나 이는 자신의 과거 잘못을 은폐하려는 모순된 행동입니다. 일본 정부의 논리를 정면으로 반박하는 가장 강력한 증거는 바로 일본 자신의 공문서인 '태정관 지령(1877년)'입니다. 당시 일본 최고의 행정 기구였던 태정관은 울릉도와 독도에 대해 조사한 뒤, "울릉도와 그 외 한 섬(독도)은 일본과 관계가 없음을 명심하라"는 공식 지령을 내렸습니다. 이는 일본 스스로 독도가 자국령이 아님을 전 세계에 선포한 결정적인 문서입니다.일본은 한국이 ICJ 제소를 거부하는 것을 논리가 부족하기 때문이라고 공격하지만, 이는 본질을 호도하는 것입니다. 독도는 역사적·지리적·국제법적으로 명백한 대한민국의 고유 영토이므로 사법적 판단의 대상이 될 수 없습니다. 영토 주권은 타국과 협상하거나 재판을 통해 증명받아야 할 성질의 것이 아닙니다. 일본의 ICJ 제소 제안은 독도를 '영토 분쟁 지역'으로 부각시켜 국제사회의 관심을 끌려는 정략적 수단에 불과하며, 한국 정부는 이러한 부당한 요구에 응할 이유가 전혀 없습니다.진정한 평화적 해결은 일본이 과거 제국주의 침략 전쟁의 역사를 진심으로 반성하고, 그 과정에서 자행된 독도 강점의 불법성을 인정하는 데서 시작되어야 합니다.